StanからWAICを計算するためのメモ
StanからWAICを計算するためのメモ
豊田本(2017)を参考に,Stan
の結果からWAICを計算する方法のメモ.
テキスト198ページ記載のコードは略記のため,そのまま書き写して実行してもStanが動きません*1. 公開されたコードを参考に確率分布のパラメータを適切なブロックで定義すれば,Stanが動きます.
まずStan
コード内でモデルの対数尤度を生成量(generated quantities)として定義します.
次にR
上でloo
パッケージを使って,Stan
のサンプリング結果から対数尤度を取り出し,waic
関数にわたします*2.
それぞれのコードはこんな感じです(ポイントだけ省略して書いています.実際にはデータブロックやパラメータブロックを書かなくてはいけません).
上記のGitHub Gist
からの埋め込みは,Gist
上で「Embed」をクリップボードにコピーしたものを
ブログのソースに張り付けるだけで完了します.