TikZ
TikZで簡単かつ綺麗な図がかけるので，これがあれば研究の分析・報告・文章化は全てTeX+beamerだけで事足りるでしょう．
使わないとすぐに忘れそうなので，ポイントだけメモしておきます．
簡易マニュアルでも推奨しているように，最初にグリッドを書いておくと作業が大変ラクです．
これは
\draw[step=1,black!10, very thin] (0,0) grid (12, 8 );
などと入力するだけでOKです．デフォルトの座標単位が1cmなので紙の大きさに合わせて，調整すればよいでしょう．
あとはnodeで数式やプレースフォルダを配置して，drawで矢印を足していく感じ．
nodeの座標は始点位置を指定できるので，例えば
\node [right] at (0.5,7.5 )
のように書いて，調整します．基本的に[right]でいいでしょう．ただしオブジェクトを丸で囲む場合は，サークルの中心点とラベル（ノード）の中心点を合わせましょう．
矢印は
\draw[thick,-latex] (7.5 ,3 ) -- (9.5 ,2.2 ); \draw[thick,-latex] (7.5 ,1 ) -- (9.5 ,1.8 );
こんな感じで始点と終点を指定します．
狙った位置にオブジェクトをビシッと配置できるので気持ちがいいです．
まあ，パワポとどっちがラクやねんと言われれば，パワポのほうが手っ取り早い気もしますが，数式の美しさと再現可能性を考慮すればbeamer + TikZがオススメです．
